当初,时勉请求改建国子监。皇帝命王振前去查视,时勉对待王振没有施加礼节。王振对他怀恨在心,查访(搜寻)他的缺点(短处、不足),一无所得。时勉曾砍去彝伦堂的树旁生出来的枝干,王振于是说李时勉擅自砍伐官树放入自己家中。领取圣旨,与司业赵琬、掌馔金鉴带着枷锁来到国子监前。当时是盛夏,李时勉身上的枷锁三天没解下来。监生李贵等千余人到殿前请求宽恕,呼声响彻殿庭。助教李继向会昌侯孙忠请求。孙忠是皇太后的父亲。孙忠生日时,太后派人到孙忠家赏赐。孙忠捎带奏疏给太后,太后替他向皇帝谈及此事。皇帝当初不知道,立即释放了时勉。李继这人不受法度拘束,时勉曾经规劝他。李继不能完全听从,但心中感激时勉的忠言,到现在竟然得到他的帮助。
九年,皇帝视察国子监。时勉向皇帝讲授《尚书》,言辞流畅,内容分析明彻。皇帝非常高兴,赏赐很多物品。时勉接连上疏请求告老还乡,不被允许。十二年春才答应他的请求。朝中大臣和国子监太学生在都门外为他饯行的有几千人,有的一直送他登上船,等船出发才离开。
时勉担任国子监祭酒六年,对学生教训激励,要求非常严格。他崇尚廉耻,反对为名利而奔走,区分贤能,表示鼓励或惩罚。学生贫穷不能婚葬的,时勉节省出自己的生活费赠给他们。督促学生读书,学生们勤奋苦学,灯火通宵不灭,吟诗诵书之声不断,人才比平时强盛。